Phylogénomique des Gesneriaceae néotropicales

Description du projet

Ce projet vise à générer une phylogénie robuste et densément échantillonnée au niveau de l’espèce chez Gesnerioideae (= sous-famille néotropicale des Gesneriaceae, environ 1200 espèces). Pour atteindre cet objectif, nous utiliserons une combinaison de données génomiques, obtenues à partir du kit de capture de gènes récemment développé pour la famille (Ogutcen et al. 2021), et des données de séquençage Sanger de gènes fréquemment utilisés dans la systématique des Gesneriaceae (ex. ITS, matK, trnLF, rps16). Le cadre phylogénétique résultant sera calibré dans le temps et utilisé pour étudier la dynamique de diversification à travers les différents biomes des néotropiques.

Objectifs scientifiques

• Inviter plusieurs expert·es des Gesneriaceae à contribuer avec leurs données et leur expertise pour assembler la phylogénie des Gesnerioideae. (C2.3)
• Séquencer les données génomiques d’un nombre sélectionné de taxons représentant les principales lignées de Gesnerioideae. (A2.2)
• Collecter et assembler des séquences Sanger publiées et non publiées pour un maximum d’espèces. (A2.2)
• Effectuer des analyses phylogénétiques des données génomiques et Sanger. (A2.2)
• Utiliser la phylogénie pour déduire la dynamique de diversification à travers les différentes régions biogéographiques des Néotropiques. (A2.3)
• Publier les résultats (C1.1)

Les objectifs scientifiques s’intègrent dans le cadre de la stratégie scientifique de l’institution qui définit les trois axes de recherche majeurs (A, B, C) des CJBG. Les abréviations(C2.3, A2.2, etc.) font références aux objectifs prioritaires visés par les objectifs scientifiques de ce programme.

Publications associées

• Fonseca, L. H. M. 2021. Combining molecular and geographical data to infer the phylogeny of Lamiales and its dispersal patterns in and out of the tropics. Mol Phylogenet Evol 164:107287.
• Ogutcen, E., C. Christe, K. Nishii, N. Salamin, M. Moller, and M. Perret. 2021. Phylogenomics of Gesneriaceae using targeted capture of nuclear genes. Molecular Phylogenetics and Evolution 157.
• Perret, M., A. Chautems, A. O. De Araujo, and N. Salamin. 2013. Temporal and spatial origin of Gesneriaceae in the New World inferred from plastid DNA sequences. Botanical Journal of the Linnean Society 171:61-79.
• Rabosky, D. L. 2014. Automatic Detection of Key Innovations, Rate Shifts, and Diversity-Dependence on Phylogenetic Trees. Plos One 9.
• Rabosky, D. L., S. C. Donnellan, M. Grundler, and I. J. Lovette. 2014. Analysis and Visualization of Complex Macroevolutionary Dynamics: An Example from Australian Scincid Lizards. Systematic Biology 63:610-627.
• Roalson, E. H., and W. R. Roberts. 2016. Distinct Processes Drive Diversification in Different Clades of Gesneriaceae. Systematic Biology 65:662-684.
• Serrano-Serrano, M. L., J. Rolland, J. L. Clark, N. Salamin, and M. Perret. 2017. Hummingbird pollination and the diversification of angiosperms: an old and successful association in Gesneriaceae. Proc. R. Soc. B 284: 20162816. http://dx.doi.org/10.1098/rspb.2016.2816