Charles Pouchon

Mes recherches se portent sur la systématique et l’évolution des espèces et la compréhension des processus écologiques et neutres à l’origine de leur diversification. Particulièrement, je m’intéresse au développement et à l’utilisation de nouveaux outils bioinformatiques dans l’ère des nouvelles générations de séquençage génomique à haut débit pour l’inférence de phylogénies à large échelle.

Diplômes

• Doctorat, Biologie Évolutive, Université Grenoble-Alpes, Laboratoire d’Écologie Alpine, Grenoble, 2018 
• Master, Sciences, Biodiversité, Écologie, Évolution (BEE), Université Grenoble-Alpes, 2014 
• Bachelor, Biologie, Université Grenoble-Alpes, 2012

Publications

Pouchon, C., Boyer, F., Roquet, C., Denoeud, F., Chave, J., Coissac, E., Alsos, IG. The PhyloAlps Consortium, The PhyloNorway Consortium, Lavergne S. 2022. ORTHOSKIM: In silico sequence capture from genomic and transcriptomic libraries for phylogenomic and barcoding applications. Molecular Ecology Resources. https://doi.org/10.1111/1755-0998.13584

Cumer, T.*, Pouchon, C.* Boyer, F., Yannic, G., Rioux, D., Bonin, A., Capblancq, T. (2021). Double-digest RAD-sequencing: do pre and post-sequencing protocol parameters impact biological results? Mol Genet Genomics. https://link.springer.com/article/10.1007/s00438-020-01756-9. *co-first 

Pouchon, C., Lavergne S., Fernández, A., Alberti A., Aubert, S., Mavárez, J. (2021). Phylogenetic signatures of ecological divergence and leapfrog adaptive radiation in Espeletia. Am. J. Bot. 2021. https://doi.org/10.1002/ajb2.1591 

Alsos, I.G., Lavergne, S., Merkel, M.K.F., Boleda, M., Lammers, Y., Alberti, A., Pouchon, C., Denoeud, F., Pitelkova, I., Pușcaș, M., Roquet, C., Hurdu, B.-I., Thuiller, W., Zimmer- mann, N.E., Hollingsworth, P.M., Coissac, E. The Treasure Vault Can be Opened: Large- Scale Genome Skimming Works Well Using Herbarium and Silica Gel Dried Material. Plants 2020, 9, 432. https://doi.org/10.3390/plants9040432 

Pouchon, C., Fernández, A., Nassar, J. M., Boyer, F., Aubert, S., Lavergne, S., & Mavá- rez, J. Phylogenomic analysis of the explosive adaptive radiation of the Espeletia complex (Asteraceae) in the tropical Andes. Sys. Biol., 67, 6, 2018, 1041–1060. https://doi.org/10.1093/sysbio/syy022